The 84th Annual Meeting of the Entomological Society of Japan・The 68th AEZ annual meeting
Mar 28 - Mar 31, 2024Sendai International Center
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Mar 28 - Mar 31, 2024Sendai International Center
[W01-02]PacBio HiFiリードシーケンスによるキンウワバトビコバチのゲノム解読と機能アノテーション
◯Kouhei Toga1,2, Keita Tamura1, Hidemasa Bono1,2(1. Hiroshima Univ., 2. Hiroshima University)
近年のロングリードシーケンス法の台頭により，連続性の高い昆虫ゲノムの解読が進んでいる．特に，エラーの少ない高精度のゲノムアセンブリを構築できるPacBio HiFiリードは，様々な昆虫種に適用されつつある．申請者らは，キンウワバトビコバチにおいてHiFiリード法を適用し，連続性の高いゲノム配列を決定した(552.7Mb, N50: 17.9Mb)(参照：https://doi.org/10.1101/2023.09.24.559078)．BRAKERによる遺伝子予測では，ゲノム上には10786のタンパク質をコードする遺伝子の存在が確認された．この遺伝子モデルに対し，昆虫の機能アノテーションワークフロー(Fanflow4Insects)を適用すると，98％の遺伝子に他種との配列類似性またはドメイン構造の存在を確認でき，充実した機能アノテーションが得られた．本発表では，上記のゲノム解読から遺伝子予測・機能アノテーションの手法と実際について，詳しく紹介したい．