Even (1P-050~1P-094)

[1P-062] Development of novel FISH by ultrafast RNA photo-cross-linking targeting difficult-to-detect regions in E. coli 16S rRNA

*Junichi Mihara¹, Nanami Watanabe¹, Kenzo Fujimoto¹ (1. School of Advanced Institute Science and Technology, Japan Advanced Institute of Science and Technology)

Keywords:

FISH,Ultrafast RNA photo-crosslinking,E. coli 16S rRNA,Photo-cross-linkable assistant ODNs

蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）は、オリゴヌクレオチド（ODN）を蛍光標識し、標的核酸を検出する方法である。しかし、FISHの検出感度は、標的核酸の高次構造に影響する。そこで、光応答性人工核酸CNVDを含む検出プローブと複数のアシストODNを用いて、検出困難な大腸菌rRNAの627-644領域を生細胞でも検出可能なWash-free FISH法の開発を行った。その結果、標的領域周辺の二次構造を崩すことができ、相対蛍光強度は約40倍と向上した。