Poster Session (P135-P168)

[P164] Validity evaluation of nearest-neighbor model in stem region of RNA pseudoknots

*Tamaki Endoh¹, Sagar Satpathi¹, Naoki Sugimoto¹ (1. Konan University)

Keywords:

Nearest-neighbor model,RNA,Tertiary structure,Pseudoknot,Thermodynamic stability

ループ領域と分子内の一本鎖領域との相互作用により形成されるシュードノット構造は、機能性RNAの高次構造中に散見される基本構造である。本研究では、Hタイプと呼ばれるシンプルなシュードノット構造をモデルとし、互い違いに存在する2つの二重らせん形成領域のうち一方の領域に焦点を絞って熱安定性を解析した。その結果、最近接塩基対モデルによりシュードノット構造の安定性を予測できることが示された。