講演情報
[2I6-OS-7b-04]遺伝子発現の局在情報予測可視化による臨床組織サンプル特徴の把握
〇二谷 悦子1、徐 慧娟1、田窪 亮子1、徳山 健斗1 (1. 中外製薬株式会社)
キーワード：
遺伝子発現予測、臨床病理画像
【背景】空間トランスクリプトーム技術の進展により、病理組織上の形態学的位置情報と遺伝子発現を統合的に解析することが可能となっている。一方で、高コストであることから多数のサンプルを用いた技術運用には課題がある。本研究では、HE染色病理画像からバイオマーカーの発現量および空間的分布を予測可能なモデル構築の可能性を検討した。
【方法】TCGAよりWSIおよびRNA-seqデータが利用可能な32腫瘍タイプ計9,997サンプルを収集した。遺伝子発現量には凍結組織由来RNA-seqのTPM値を用いた。
【結果】複数の事前学習済み画像認識モデルを比較検討した結果、EfficientNet-V2 Lを採用した。WSIをタイル分割し、タイル特徴量から発現量を予測・集約するDecoder構造を改良したことで、WSI単位での発現予測および空間的な発現分布推定が可能であることが示唆された。
【方法】TCGAよりWSIおよびRNA-seqデータが利用可能な32腫瘍タイプ計9,997サンプルを収集した。遺伝子発現量には凍結組織由来RNA-seqのTPM値を用いた。
【結果】複数の事前学習済み画像認識モデルを比較検討した結果、EfficientNet-V2 Lを採用した。WSIをタイル分割し、タイル特徴量から発現量を予測・集約するDecoder構造を改良したことで、WSI単位での発現予測および空間的な発現分布推定が可能であることが示唆された。