講演情報
[O23-3]スタージウェーバー症候群の低頻度体細胞バリアントの効率的な検出法
○内山 由理1,2, 鈴木 皓晴3, 飯村 康司3, 菅野 秀宣3, 川上 民裕4, 森貞 直哉5, 松尾 皇6, 馬場 信平7, 長坂 美和子8, 瀬戸 俊之9, 土田 奈緒美1,2, 濱中 耕平2, 藤田 京志2, 輿水 江里子2, 宮武 聡子2,10, 水口 剛2, 近藤 聡英3, 松本 直通2 (1.横浜市立大学附属病院 難病ゲノム診断科, 2.横浜市立大学大学院 医学研究科 遺伝学, 3.順天堂大学大学院 医学研究科 脳神経外科学, 4.東北医科薬科大学 医学部 皮膚科学, 5.神戸大学大学院 医学研究科 内科系講座 小児科学分野, 6.伊勢赤十字病院 脳神経内科, 7.聖隷浜松病院 小児神経科, 8.社会医療法人愛仁会 高槻病院 新生児科, 9.大阪公立大学大学院 医学研究科 臨床遺伝学･発達小児医学, 10.横浜市立大学附属病院 遺伝子診療科)
Recent studies suggested that vascular malformations and congenital hemangiomas arise from different somatic variants: Sturge-Weber syndrome (SWS), one of the neurocutaneous vascular malformations, with specific missense variants in GNAQ or GNB2, and hemangiomas with specific missense variants in GNA11, GNA14, or GNAQ. Approximately 80-90% of the SWS patients may harbor a somatic mosaic variant p.Arg183Gln in GNAQ. To identify the efficient diagnostic methods, we investigate the frequency and detection rate of known variants in SWS patients and variant allele frequencies (VAFs) in DNA derived from paired affected and unaffected tissues of clinically diagnosed SWS patients from 47 families (15 previously analyzed and 32 newly) using the following methods. The detection methods of ultra-low prevalence single nucleotide variants (SNVs) are droplet digital PCR or digital PCR (dPCR), peptide-nucleic acid (PNA)-dPCR, and amplicon-based or molecular barcoding-based targeted deep sequencing (deep-seq). The number of patients in each variant is 89.3％ (42/47) of c.548G＞A and 2.1％ (1/47) of c.547C＞G in GNAQ, and 4.2% (2/47) in c.547C＞T in GNA11. The VAFs are ＜0.1% (N＝2), 0.1-1% (N＝2), 24 of 1-5% (N＝24), 5-10％ (N＝18), and ＞10％ (N＝1). Considering approximately 90％ of SWS patients harbor c.548G＞A in GNAQ with mostly VAFs of 1 to 10%, dPCR and PNA-dPCR subsequent deep-seq can be a reliable procedure for the genetic diagnosis although the ratio of the disease tissues in the extracted DNA affects the VAFs.