[21p-D901-1~19] 12.6 Nanobiotechnology

5:00 PM - 5:15 PM JST(8:00 AM - 8:15 AM UTC)

[21p-D901-13] RNA Folding Using Simulated Bifurcation Machine

〇Hiroaki Hata¹, Kengo Tsuda¹, Masaru Suzuki², Yuki Matsubara¹ (1.MKI, 2.TDSL)

Keywords:

quantum annealing,ising machine,RNA secondary structure

近年、量子アニーリングマシンを利用してRNAの二次構造を予測する手法が提案された。先行研究ではBQMの形で二次構造予測問題を定式化し、D-Waveを用いて解を得たが、扱ったRNAは31塩基程度の長さであった。我々は、シミュレーテッド分岐マシンを利用して同様の定式化モデルを解くことで、134塩基長のRNAの二次構造を約3秒で計算できることを示した。さらに定式化モデルを改良し、予測精度は従来法と同程度のまま、約一桁の高速化を達成した。