講演情報
[21p-D901-17]タンパク質のFMO-DPDシミュレーション向け有効パラメータの算定-#2
〇太刀野 雄介1、土居 英男1、奥脇 弘次1、平野 秀典2、望月 祐志1,3 (1.立教大理、2.慶応大理工、3.東大生研)
キーワード：
タンパク質,散逸粒子動力学シミュレーション,フラグメント分子軌道法
私たちは、タンパク質のDPDシミュレーションのために全20種のアミノ酸をカバーするパラメータセットをFMO計算によって算定するプロジェクトを進めています。今回、先行事例（APEX, 13 (2020) 017002）があるシニョリンを構成する7種のアミノ酸を対象に、荷電条件と粗視化した分子構造・パターンなどに留意してパラメータ評価を行いました。各種解析とDPDの結果によりシニョリンとスーパーシニョリンのヘアピン構造へのフォールディングを確認することができました。